원천징수 연말정산 차이, 왜 또 계산하나 — 쉽게읽는 세금

매달 급여명세서를 열어보면 소득세와 지방소득세가 이미 빠져나가 있습니다. 그런데 세금은 왜 한 줄이 아니라 두 줄일까요. 게다가 다음 해가 되면 회사가 한 번 더 세금을 계산해서, 누군가는 돈을 돌려받고 누군가는 더 냅니다. 두 절차가 정확히 어떤 관계인지는 잘 알려져 있지 않습니다. 이 글은 원천징수와 연말정산이 각각 무엇을 계산하는 절차인지, 왜 둘의 결과가 달라지는지를 소득세법 조문을 기준으로 정리합니다.

3줄 요약

매달 떼는 세금은 간이세액표라는 법정 조견표를 조회한 값으로, 공제를 아예 안 넣은 게 아니라 평균적인 사람을 가정해 미리 반영해 만든 값입니다.

연말정산은 그 평균값을 1년간의 실제 소득·공제로 바꿔치우는 절차이고, 다음 연도 2월분 급여를 지급할 때 이뤄집니다.

프리랜서(사업소득자)는 지급자가 필요경비를 알 수 없어 정률 3.3%만 떼고, 실제 계산은 본인이 다음 연도 5월 확정신고로 합니다.

※ 이 글은 2026년 8월 현재 시행 중인 소득세법(법률 제21221호, 2025.12.23. 일부개정)과 소득세법 시행령(대통령령 제36343호, 2026.5.22. 일부개정, 시행 2026.7.1.) 기준으로 작성했습니다. 세부 요율·공제 항목은 개정될 수 있으니 정확한 적용은 국세청 홈택스에서 확인하시기 바랍니다.

원천징수는 간이세액표라는 조견표를 조회한 값입니다

회사가 매달 월급에서 떼는 소득세는 그때그때 계산한 금액이 아니라, 소득세법 시행령 별표2 근로소득 간이세액표라는 법정 조견표에서 조회한 값입니다. 이 표는 매년 한 번씩 정기 개정되는 표가 아니라 관련 세법이 바뀔 때마다 그 내용을 반영해 고쳐지는 표로, 2026년에도 1월·2월·4월·5월 네 차례 개정을 거쳤습니다.

회사는 세금을 계산하지 않고 표를 조회할 뿐입니다

근로자가 회사에 입사하면 부양가족 등 인적사항을 신고합니다. 회사는 이 정보로 간이세액표의 공제대상가족 수라는 축을 정하고, 매월 급여를 지급할 때 월급여액과 이 가족 수 두 값만으로 세액을 조회합니다(소득세법 제134조 제1항). 계산이 아니라 조회이기 때문에, 회사가 근로자 개개인의 신용카드 사용액이나 의료비 지출 같은 사정을 매달 따질 필요가 없습니다.

“공제 없이 대충 뗀다”는 설명은 틀렸습니다

간이세액표의 세액은 근로소득공제·기본공제·특별소득공제와 특별세액공제 중 일부·연금보험료공제·근로소득세액공제를 이미 평균적으로 반영해 만들어진 값입니다. “매달은 공제 없이 대충 떼고 연말에 공제를 반영해 돌려준다”는 설명이 널리 퍼져 있지만, 소득세법 시행령 별표2 비고가 밝히는 산정 근거는 이와 다릅니다. 이 표는 “공제를 하나도 넣지 않은 값”이 아니라 “총급여 수준별로 평균적인 사람을 가정해 미리 계산해둔 값”입니다.

이렇게 보면 정산 차이가 생기는 이유도 분명해집니다. 공제를 안 넣었다가 넣어서 차이가 나는 게 아니라, 표가 가정한 평균과 나의 실제 상황이 얼마나 벌어졌는가에서 생깁니다. 이 한 가지를 정확히 이해하면, 뒤에 나올 환급·추가납부·프리랜서 비교가 전부 하나의 원리로 이어집니다.

조회하는 축은 월급여액과 가족 수, 두 가지뿐입니다

간이세액표를 조회하는 축인 월급여액(비과세소득 제외)과 공제대상가족 수 어디에도 의료비, 교육비, 기부금, 신용카드 사용액, 주택자금 같은 항목은 들어 있지 않습니다. 이런 항목이 실제로 얼마나 되는지는 회사가 매달 알 방법이 없고, 다음 해 연말정산에서야 신고를 통해 반영됩니다. 그래서 이 항목들의 지출이 클수록, 매달 뗀 금액과 실제 확정세액의 차이도 커지는 경향이 있습니다.

연말정산은 그 평균을 실제 숫자로 바꾸는 절차입니다

연말정산은 1년간 실제로 확정된 소득과 공제 항목으로 세금을 다시 계산해, 매달 간이세액표로 미리 뗀 금액과 비교하는 절차입니다.

다음 연도 2월분 급여 지급 시 정산합니다

소득세법 제137조 제1항은 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때 정산하도록 정합니다. 2월분 급여가 없거나 2월 말일까지 지급되지 않으면 그 시점을 2월 말일로 봅니다(제134조 제2항). 아래 표는 근로자가 겪는 일과 회사가 처리하는 절차를 하나의 시간 축으로 정리한 것입니다. 왼쪽 열의 시점은 특정 해의 일정이 아니라 제도상 절차 순서입니다.

시점(제도 기준)	근로자가 겪는 일	회사가 하는 절차
근로 개시 시	부양가족 등 인적사항 신고	간이세액표 공제대상가족 수 확정
매월 급여 지급 시	소득세·지방소득세 원천징수	간이세액표 조회 후 원천징수, 다음 달 10일까지 신고·납부
과세기간 종료일(12월 31일)	인적공제 판정 기준 확정	미지급 급여는 12월 31일 지급으로 의제
다음 연도 2월분 급여 지급 시(또는 2월 말일)	정산 결과 확인	결정세액과 기납부세액 비교, 차감납부·환급세액 산출
같은 시점	환급이면 급여에 반영돼 수령	그달 납부할 원천세에서 조정해 환급(부족 시 이월)
추가납부세액 10만원 초과 시	2~4월분 급여에서 나눠 부담	2~4월분 급여로 분할 원천징수 가능
다음 연도 3월 10일	—	근로소득 지급명세서 제출
다음 연도 5월 1일~31일	확정신고 대상자만 신고	—

정산 차이는 표가 가정한 평균과 실제의 격차에서 나옵니다

정산 결과가 환급이든 추가납부든, 그 차이는 간이세액표가 가정한 평균과 1년간 실제로 확정된 소득·공제가 얼마나 벌어졌는가에서 나옵니다. 국세청이 안내하는 연말정산 세액계산 7단계를 그대로 따라가 보면 이 흐름이 어디서 갈리는지 보입니다. 아래는 이해를 돕기 위해 단순화한 가상 사례이며, 실제 세액과는 다를 수 있습니다.

가상 사례: 총급여 4,800만원, 배우자 있음(소득 없음), 자녀 없음, 공제대상가족 2명(본인·배우자)

단계	결과	이 사례의 값(가정)
1. 총급여액	연간 근로소득 − 비과세소득	48,000,000원
2. 근로소득금액	총급여액 − 근로소득공제	35,850,000원
3. 차감소득금액	근로소득금액 − (인적공제+연금보험료공제+특별소득공제)	28,850,000원
4. 과세표준	차감소득금액 − 그 밖의 소득공제	27,850,000원
5. 산출세액	과세표준 × 기본세율	2,917,500원
6. 결정세액	산출세액 − 세액감면·세액공제	2,487,500원
7. 차감납부·환급세액	결정세액 − 기납부세액(1년간 원천징수 합계)	−212,500원(환급)

이 사례에서는 1년간 매달 간이세액표로 뗀 금액의 합계(기납부세액)가 실제 결정세액보다 컸기 때문에 마지막 줄에서 환급이 발생했습니다. 인적공제(본인·배우자 각 150만원)와 근로소득공제 산식, 기본세율 구간은 소득세법에 정해진 값입니다. 반면 연금보험료·특별소득공제·세액공제·기납부세액은 사례를 단순화하려고 가정한 금액입니다. 환급은 국가가 주는 보너스가 아니라 미리 더 낸 돈을 돌려받는 것이고, 반대로 추가납부가 나오는 것도 똑같이 정상적인 정산 결과입니다.

환급 세액이 발생하면 국세청이 개인 계좌로 직접 지급하는 게 아니라, 회사가 그달 납부할 원천세에서 상계해 급여에 반영합니다(소득세법 시행령 제201조). 회사가 낼 세금보다 환급액이 크면 다음 달 이후로 이월해 조정하거나, 회사가 관할 세무서장에게 신청해 초과분을 돌려받습니다. 그래서 환급 시점은 회사의 급여 지급 일정에 따라 달라질 수 있습니다. 반대로 추가로 낼 세액이 10만원을 넘으면 다음 연도 2월분부터 4월분 급여까지 나눠서 원천징수할 수 있습니다(소득세법 제137조 제4항).

상여금을 받은 달에 유독 세금이 많이 나갔다고 느끼는 경우도 이 흐름으로 설명됩니다. 상여는 지급대상기간의 월수로 나눠 평균화한 뒤 간이세액표를 적용하기 때문에, 그달만 보면 세율 구간이 높아 보입니다. 다만 이 역시 잠정치이고, 다음 해 연말정산에서 1년 전체 소득 기준으로 다시 정산됩니다.

80%·100%·120% 선택은 총세액이 아니라 시점만 바꿉니다

근로자는 매달 떼는 금액의 비율을 80%, 100%, 120% 중에서 선택할 수 있지만, 이 선택은 1년 총세액이 아니라 납부 시점만 앞뒤로 옮기는 장치입니다. 소득·세액공제 신고서나 조정신청서를 제출하면 그 제출일 이후 지급하는 근로소득부터 바뀐 비율이 적용됩니다(소득세법 시행령 제194조 제3항, 2025.12.30. 개정). 한 번 바꾸면 해당 과세기간이 끝날 때까지 그 비율이 유지됩니다.

80%를 선택하면 매달 손에 쥐는 돈은 늘지만 연말정산에서 추가납부액이 그만큼 커지고, 120%를 선택하면 반대의 결과가 됩니다. 연간 총세액 자체는 어느 쪽을 골라도 같으므로, 이건 절세 수단이 아니라 현금흐름을 언제로 옮길지 정하는 개인 판단의 문제입니다.

월급 두 줄의 지방소득세는 소득세의 정확히 10%입니다

월급명세서에 소득세와 지방소득세가 나란히 찍히는 이유는, 지방소득세가 별도 세율이 아니라 원천징수하는 소득세의 정확히 10%이기 때문입니다(지방세법 제103조의13).

소득세와 지방소득세는 같은 계산에서 나옵니다

회사는 간이세액표에서 조회한 소득세 세액과, 그 10%인 지방소득세를 함께 원천징수합니다. 두 줄의 금액을 더하면 실제로 급여에서 빠져나간 세금 전체가 됩니다. 연말정산의 대상이 되는 것은 소득세 쪽이고, 지방소득세는 그 정산 결과의 10%로 자동으로 따라 움직입니다.

프리랜서의 3.3%도 같은 원리입니다

프리랜서가 흔히 말하는 3.3%도 소득세 3%(소득세법 제129조)와 그 10%인 지방소득세 0.3%를 더한 것으로, 근로소득의 두 줄과 정확히 같은 원리입니다. “3.3%”라는 숫자가 하나의 세율처럼 알려져 있지만, 실제로는 서로 다른 두 세금이 합쳐진 숫자입니다. 이 구조를 알면 근로소득자와 프리랜서가 완전히 다른 세계가 아니라, 같은 원천징수 원리의 두 변형이라는 것도 함께 이해할 수 있습니다. 다만 강연료·원고료처럼 소득 구분 자체가 다른 기타소득은 계산 방식이 별도이고 실효 원천징수율도 다르므로, 3.3%와 혼동하지 않아야 합니다.

프리랜서는 지급자가 세금을 계산할 수 없어 정률로 뗍니다

프리랜서(사업소득자)에게 연말정산이 없는 이유는, 세금 계산에 필요한 정보를 지급자가 갖고 있지 않기 때문입니다. 근로소득과 사업소득의 차이는 소득의 크기가 아니라, 누가 세금을 계산할 수 있느냐에 있습니다.

지급자가 계산할 수 있는지가 정산 여부를 가릅니다

근로소득공제는 총급여액에 법정 산식을 적용해 계산되므로(소득세법 제47조), 회사가 총급여액만 알면 세액을 계산할 수 있습니다. 반면 사업소득의 필요경비는 사람마다 실제 지출로 다르고 장부로 확인해야 하는 값이라, 지급자가 이를 알 방법이 없습니다. 그래서 지급자는 정률 3%(지방소득세 포함 3.3%)만 떼고, 실제 계산은 사업자 본인이 다음 연도 5월 확정신고로 합니다(소득세법 제70조).

세 갈래로 비교하면 이렇습니다

근로소득자 안에서도 일용근로자는 또 다른 구조입니다. 아래 표는 원천징수 방식과 정산 절차 유무를 기준으로 세 유형을 비교한 것입니다.

구분	일반 근로소득자	일용근로자	프리랜서(사업소득)
원천징수 방식	간이세액표 조회(월급여+가족 수)	(일급−15만원)×6%×(1−55%)	정률 3%(지방소득세 포함 3.3%)
정산 절차	있음(연말정산)	없음(완납적 분리과세)	원칙적으로 없음(예외 있음)
정산 시점	다음 연도 2월분 급여 지급 시	해당 없음	다음 연도 5월 확정신고
미이행 시 처리	5월 확정신고로 보완 가능	해당 없음(원천징수로 종결)	5월 확정신고로 정산(미신고 시 별도 절차)

일용근로자는 원천징수로 납세의무가 끝나는 완납적 분리과세 대상이라 연말정산 자체가 없습니다. 일당을 하루 단위로 지급받고 그날 총급여가 187,000원 이하이면 세액이 1,000원 미만이라 소액부징수로 떼지 않습니다.

“연말정산이 없다”는 절반만 맞습니다

소득세법 제144조의2는 보험모집인·방문판매원 등 일부 사업소득자에게 별도의 사업소득 연말정산 절차를 두고 있습니다. 이들은 다음 연도 2월분 사업소득을 지급할 때(또는 거래계약을 해지하는 달) 정산을 받습니다. 다만 이 절차의 적용 대상은 제한적이므로, 대부분의 프리랜서는 원칙대로 5월 확정신고로 정산한다고 이해하면 됩니다.

이직·투잡·맞벌이는 계산 방식이 각각 달라집니다

같은 근로소득자라도 이직·투잡·맞벌이 여부에 따라, 앞서 본 “표가 가정한 평균과 실제의 격차”라는 원리가 조금씩 다른 방식으로 나타납니다.

중도 입사·이직이면 환급이 잦습니다

간이세액표는 그 월급이 1년 내내 계속된다고 가정한 표라서, 실제로 6개월만 근무하면 연간 총급여가 표의 가정보다 작아져 적용 세율 구간이 낮아지는 경우가 많습니다. 반면 인적공제처럼 연 단위로 정해진 공제는 근무 개월수로 나누지 않고 전액 적용됩니다. 그래서 매달 낸 세금 합계가 확정세액보다 많아지는 경우가 흔한데, 이는 많이 낸 만큼 돌려받는 것일 뿐 중도 입사 자체가 유리한 선택이라는 뜻은 아닙니다.

같은 해에 재취직했다면 새 근무지가 종전 근무지 소득과 새 근무지 소득을 더해 연말정산합니다(소득세법 제138조). 이때 근로자가 종전 근무지에서 받은 근로소득을 포함해 소득·세액 공제신고서를 제출해야 합산 정산이 이뤄집니다. 실무에서는 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 함께 냅니다.

투잡이면 두 번째 회사에서 세금을 더 뗍니다

두 곳 이상에서 근로소득을 받으면 부수적인(종된) 근무지는 본인 기본공제와 표준세액공제만 있는 것으로 보고 간이세액표를 적용합니다(소득세법 시행령 제194조 제2항). 부양가족이 있어도 두 번째 근무지에는 이를 반영하지 않도록 설계돼 있어, 같은 월급이라도 주된 근무지보다 세금이 더 많이 떼입니다. 두 소득을 합산해 연말정산하지 않았다면 다음 연도 5월 확정신고 의무가 생깁니다(소득세법 제73조 제2항).

맞벌이 인적공제는 법이 정한 순서대로 정리됩니다

맞벌이 부부가 같은 부양가족을 각자 공제대상으로 신고하면, 법이 정한 순서대로 정리됩니다(소득세법 시행령 제106조). 한쪽의 배우자가 다른 쪽의 부양가족에 해당하면 우선 배우자로 처리합니다. 둘 다 부양가족으로 신고했다면 직전 과세기간에 그 가족의 공제를 받았던 사람 쪽으로, 그런 이력이 없으면 해당 과세기간 종합소득금액이 더 많은 사람 쪽으로 정리합니다.

흔히 “소득이 많은 쪽이 유리하다”고 알려져 있지만 이는 세 번째 기준일 뿐이고, 실제로는 배우자 판정과 직전 연도 이력이 먼저 적용됩니다. 어느 쪽이 실제로 유리한지는 가구별 소득 구성에 따라 달라지는 문제이고, 위 순서는 유불리가 아니라 중복 신고가 생겼을 때 법이 정리하는 방식입니다.

확인 체크리스트

아래 항목을 스스로 점검해보면 내 상황에서 원천징수와 연말정산이 어떻게 맞물리는지 확인할 수 있습니다.

☐ 회사에 신고한 부양가족 정보가 최신 상태인지
☐ 이직했다면 전 직장 원천징수영수증을 새 직장에 제출했는지
☐ 소득·세액공제 신고서를 연말정산 시점에 제출했는지
☐ 신용카드·보험료·의료비 등 특별공제 항목별 증빙자료를 챙겼는지
☐ 두 곳 이상에서 근로소득을 받는다면 합산 연말정산 또는 5월 확정신고 대상인지
☐ 추가납부세액이 10만원을 넘으면 분납 여부를 급여명세서에서 확인했는지
☐ 연말정산에서 놓친 공제가 있다면 5년 이내 경정청구로 바로잡을 수 있다는 점

자주 묻는 질문

Q. 중도 입사자는 연말정산을 어떻게 하나요?

A. 같은 해에 입사했다면 입사한 회사에서 그해 근무한 기간의 급여를 기준으로 다음 연도 2월분 급여 지급 시 정산합니다. 전 직장에서 받은 소득이 있다면 그 소득을 포함해 소득·세액 공제신고서를 제출해야 합산해서 정산할 수 있습니다.

Q. 이직하면 전 직장 소득도 합산되나요?

A. 네, 같은 과세기간 안에 재취직했다면 새 근무지가 종전 근무지 소득과 새 근무지 소득을 더해 연말정산합니다(소득세법 제138조). 실무에서는 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 함께 냅니다.

Q. 연말정산을 안 하면 어떻게 되나요?

A. 회사가 진행하는 연말정산은 근로자가 거부할 수 있는 절차가 아니고, 필요한 서류를 내지 않으면 기본공제 위주로 정산이 끝나 세금을 더 많이 낸 상태로 확정될 수 있습니다. 놓친 공제는 다음 연도 5월 확정신고로 반영하거나, 그 시점도 지났다면 5년 이내 경정청구로 바로잡을 수 있습니다.

Q. 환급금은 언제 들어오나요?

A. 국세청이 개인 계좌로 직접 지급하는 게 아니라, 회사가 그달 납부할 원천세에서 상계해 급여에 반영하는 방식입니다. 그래서 지급 시점은 회사의 급여 지급 일정에 따라 달라질 수 있습니다.

Q. 맞벌이 부부는 인적공제를 누가 받는 게 유리한가요?

A. 법은 유불리보다 판정 순서를 먼저 정합니다. 배우자 판정이 1순위, 직전 과세기간에 그 공제를 받았던 사람이 2순위이고, 소득이 많은 쪽은 그다음 기준입니다. 실제 유불리는 가구별 소득 구성에 따라 다릅니다.

Q. 부업(투잡)이면 왜 두 번째 회사에서 세금을 많이 떼나요?

A. 부수적인 근무지는 본인 기본공제와 표준세액공제만 있는 것으로 보고 간이세액표를 적용하도록 법에 정해져 있기 때문입니다(소득세법 시행령 제194조 제2항). 부양가족이 있어도 두 번째 근무지에는 반영되지 않아, 같은 월급이라도 세금이 더 많이 떼입니다.

마무리

정리하면, 원천징수는 간이세액표라는 조견표로 평균을 미리 계산해두는 절차이고 연말정산은 그 평균을 1년간의 실제 숫자로 바꾸는 절차입니다. 두 절차를 거치고도 남는 사정(투잡, 다른 종합소득, 미합산 등)이 있으면 다음 연도 5월 확정신고로 마무리됩니다. 근로소득자든 사업소득자든, “세금을 누가 계산할 수 있는가”라는 하나의 원리로 이 세 절차가 연결돼 있다는 점을 기억해두면 헷갈릴 일이 줄어듭니다.

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최종 업데이트: 2026-08-28

[쉽게읽는 세금] 원천징수 연말정산 차이, 왜 또 계산하나